迁移Zabbix数据库到TokuDB

背景介绍

线上的Zabbix数据库有几个大表数据量疯狂增长,单表已经超过500G,而且在早期也没做成分区表,后期维护非常麻烦。比如,想删除过期的历史数据,在原先的模式下,history、history_uint等几个大表是用 (itemid, clock) 两个字段做的联合主键,只用 clock 字段检索效率非常差。

TokuDB 是一个高性能、支持事务处理的 MySQL 和 MariaDB 的存储引擎。TokuDB 的主要特点是高压缩比,高 INSERT 性能,支持大多数在线修改索引、添加字段,特别适合像 Zabbix 这种高 INSERT,少 UPDATE 的应用场景。

迁移准备

欲使用 TokuDB 引擎,服务层可以选择和 MariaDB ,也可以选择 Percona ,鉴于我以往使用 Percona 的较多,因此本次也选择使用 Percona 版本集成 TokuDB 引擎。

当前最新版下载地址:http://www.percona.com/redir/downloads/Percona-Server-5.6/LATEST/binary/tarball/Percona-Server-5.6.17-rel66.0-608.TokuDB.Linux.x86_64.tar.gz

按照正常方式安装即可,配置文件中增加3行:

malloc-lib= /usr/local/mysql/lib/mysql/libjemalloc.so
plugin-dir = /usr/local/mysql/lib/mysql/plugin/
plugin-load=ha_tokudb.so

如果不加载jemalloc,启动时就会有类似下面的报错:

[ERROR] TokuDB not initialized because jemalloc is not loaded
[ERROR] Plugin 'TokuDB' init function returned error.
[ERROR] Plugin 'TokuDB' registration as a STORAGE ENGINE failed.

并且,修改内核配置,禁用transparent_hugepage,不关闭的话可能会导致TokuDB内存泄露(建议写到 /etc/rc.local 中,重启后仍可生效):

echo never > /sys/kernel/mm/redhat_transparent_hugepage/defrag
echo never > /sys/kernel/mm/redhat_transparent_hugepage/enabled
echo never > /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/enabled
echo never > /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/defrag

如果不修改内核设置,启动时就会有类似下面的报错:

Transparent huge pages are enabled, according to /sys/kernel/mm/redhat_transparent_hugepage/enabled
Transparent huge pages are enabled, according to /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/enabled
[ERROR] TokuDB will not run with transparent huge pages enabled.
[ERROR] Please disable them to continue.
[ERROR] (echo never > /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/enabled)
[ERROR]
[ERROR] ************************************************************
[ERROR] Plugin 'TokuDB' init function returned error.
[ERROR] Plugin 'TokuDB' registration as a STORAGE ENGINE failed.

然后,初始化数据库,启动即可。

我的服务器配置:E5-2620 * 2,64G内存,1T可用磁盘空间(建议datadir所在分区设置为xfs文件系统),下面是我使用的相关选项,仅供参考:

#
#my.cnf
# 
# Percona-5.6.17, TokuDB-7.1.6,用于Zabbix数据库参考配置
# 我的服务器配置:E5-2620 * 2,64G内存,1T可用磁盘空间(建议datadir所在分区设置为xfs文件系统)
# TokuDB版本:Percona-5.6.17, TokuDB-7.1.6(插件加载模式)
# 
# created by yejr(http://imysql.com), 2014/06/24
# 
[client]
port            = 3306
socket          = mysql.sock
#default-character-set=utf8
 
[mysql]
prompt="\\u@\\h \\D \\R:\\m:\\s [\\d]>
#pager="less -i -n -S"
tee=/home/mysql/query.log
no-auto-rehash
 
[mysqld]
open_files_limit = 8192
max_connect_errors = 100000
 
#buffer & cache
table_open_cache = 2048
table_definition_cache = 2048
max_heap_table_size = 96M
sort_buffer_size = 2M
join_buffer_size = 2M
tmp_table_size = 96M
key_buffer_size = 8M
read_buffer_size = 2M
read_rnd_buffer_size = 16M
bulk_insert_buffer_size = 32M
 
#innodb
#只有部分小表保留InnoDB引擎,因此InnoDB Buffer Pool设置为1G基本上够了
innodb_buffer_pool_size = 1G
innodb_buffer_pool_instances = 1
innodb_data_file_path = ibdata1:1G:autoextend
innodb_flush_log_at_trx_commit = 1
innodb_log_buffer_size = 64M
innodb_log_file_size = 256M
innodb_log_files_in_group = 2
innodb_file_per_table = 1
innodb_status_file = 1
transaction_isolation = READ-COMMITTED
innodb_flush_method = O_DIRECT

#tokudb
malloc-lib= /usr/local/mysql/lib/mysql/libjemalloc.so
plugin-dir = /usr/local/mysql/lib/mysql/plugin/
plugin-load=ha_tokudb.so
 
#把TokuDB datadir以及logdir和MySQL的datadir分开,美观点,也可以不分开,注释掉本行以及下面2行即可
tokudb-data-dir = /data/mysql/zabbix_3306/tokudbData
tokudb-log-dir = /data/mysql/zabbix_3306/tokudbLog
 
#TokuDB的行模式,建议用 FAST 就足够了,如果磁盘空间很紧张,建议用 SMALL
#tokudb_row_format = tokudb_small
tokudb_row_format = tokudb_fast
tokudb_cache_size = 44G
 
#其他大部分配置其实可以不用修改的,只需要几个关键配置即可
tokudb_commit_sync = 0
tokudb_directio = 1
tokudb_read_block_size = 128K
tokudb_read_buf_size = 128K

迁移过程

建议在一台全新的服务器上启动Percona(TokuDB)实例进程,初始化新的Zabbix数据库,直接将大表转成TokuDB引擎,并且开启分区模式。这样相比直接在线ALTER TABLE或者INSERT…SELECT导入数据都要来的快一些(我简单测试了下,差不多能快2-3倍,甚至更高)。

在做数据迁移时,建议在目标服务器上做库表结构初始化,在源服务器上采用分段方式导出,一个表导出多个备份文件,方便在恢复时可以并发导入。在导入时,并且记得临时关闭 binlog,最起码设置 sync_binlog = 0 以及 tokudb_commit_sync = 0,以提高导入速度。采用 mysqldump 增加 -w 参数即可实现根据条件分段导出,具体可参考上一次的文章:[MySQL FAQ]系列— mysqldump加-w参数备份,或者是用MySQLDumper

需要用到外键的表继续保留InnoDB引擎,其他表都可以转成TokuDB,history_str、trends、trends_uint、history、history_uint等几个大表是一定要转成TokuDB的,events由于需要用到外键,所以继续保留InnoDB引擎。

我将表结构初始化SQL脚本提供下载了,一份是没有采用分区表的,一份是采用分区表的,大家可自行选择。一般如果记录数超过1亿,就建议使用分区表,根据时间字段(clock)分区,方便后期维护,例如删除过期历史数据什么的。

收尾

剩下的基本没啥可做的了,就是观察下运行状态,是否还有个别慢查询堵塞。在我的环境中,一开始把items表也转成TokuDB了,结果有个画图的SQL执行计划不准确,非常慢。后来发现items表也需要用到外键,于是又转回InnoDB表,这个SQL也恢复正常了。

数据库初始化脚本我整理后提供下载了,大家可以直接使用。

附件1:不使用分区表附件2:使用分区表

适用版本:

Zabbix版本:Zabbix 2.2.0
TokuDB版本:Percona-5.6.17, TokuDB-7.1.6(插件加载模式)

如果还有什么问题,欢迎加入我的QQ群(272675472)讨论。

迁移Zabbix数据库到TokuDB》上有10条评论

  1. yejr 文章作者

    默认格式化参数,挂载参数:noatime,nodiratime,nobarrier,nobarrier的具体解释可以自己搜索下再决定是否要开启

  2. Pingback引用通告: [MySQL FAQ]系列 — 大数据量时如何部署MySQL Replication从库 | MySQL中文网 – 叶金荣的技术和生活

  3. bbq

    叶老师,想请教您用zabbix监控用的式percona的监控插件吗,zabbix在监控mysql上似乎无法聚合多个监控页面,一个个调用感觉还是挺麻烦的。谢谢!

  4. Pingback引用通告: [MySQL FAQ]系列 — 大数据量时如何部署MySQL Replication从库 | 17173系统部

  5. 1266

    想请教下我安装percona+tokudb成功后,show engines看不见tokudb,但是在show plugins里可以看见,以INFORMATION SCHEMA的形式存在。而且也没有报错信息,有什么可能的原因吗?

  6. Pingback引用通告: MySQL大数据量主库如何部署从库 | 极客521

  7. 宋鹏

    叶总 在my.cnf 里面加上tokudb_directio = 1,就报错… 注释了之后是没问题的,我是直接用的 5.5.40-tokudb-7.5.3-MariaDB 这个版本,剩下的参数都没问题。

    [(none)]>show global variables like ‘%tokudb_directio%’
    -> ;
    +—————–+——-+
    | Variable_name | Value |
    +—————–+——-+
    | tokudb_directio | OFF |
    +—————–+——-+
    1 row in set (0.00 sec)

    17:04:43 [(none)]>set global tokudb_directio=1;
    ERROR 1238 (HY000): Variable ‘tokudb_directio’ is a read only variable
    [(none)]>

    启动时候报错如下:
    150105 0:42:16 [Note] /usr/local/mysql/bin/mysqld: Normal shutdown

    150105 0:42:16 [Note] Event Scheduler: Purging the queue. 0 events
    150105 0:42:16 InnoDB: Starting shutdown…
    150105 0:42:17 InnoDB: Shutdown completed; log sequence number 1597939
    150105 0:42:17 [Note] /usr/local/mysql/bin/mysqld: Shutdown complete

    150105 00:42:17 mysqld_safe mysqld from pid file /data/mysql/mysql_3306/data/mysql.pid ended
    150105 00:42:18 mysqld_safe Starting mysqld daemon with databases from /data/mysql/mysql_3306/data
    150105 0:42:18 InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled
    150105 0:42:18 InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
    150105 0:42:18 InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.3
    150105 0:42:18 InnoDB: Using Linux native AIO
    150105 0:42:18 InnoDB: Initializing buffer pool, size = 1.0G
    150105 0:42:18 InnoDB: Completed initialization of buffer pool
    150105 0:42:18 InnoDB: highest supported file format is Barracuda.
    150105 0:42:19 InnoDB: Waiting for the background threads to start
    150105 0:42:20 Percona XtraDB (http://www.percona.com) 5.5.40-MariaDB-36.1 started; log sequence number 1597939
    150105 0:42:20 [Note] Plugin ‘FEEDBACK’ is disabled.
    150105 0:42:20 [ERROR] TokuDB: Cant open rollback

    150105 0:42:20 [ERROR] TokuDB unknown error 22
    150105 0:42:20 [ERROR] Plugin ‘TokuDB’ init function returned error.
    150105 0:42:20 [ERROR] Plugin ‘TokuDB’ registration as a STORAGE ENGINE failed.
    150105 0:42:20 [ERROR] Unknown/unsupported storage engine: TokuDB
    150105 0:42:20 [ERROR] Aborting

    150105 0:42:20 InnoDB: Starting shutdown…
    150105 0:42:21 InnoDB: Shutdown completed; log sequence number 1597939
    150105 0:42:21 [Note] /usr/local/mysql/bin/mysqld: Shutdown complete

    150105 00:42:21 mysqld_safe mysqld from pid file /data/mysql/mysql_3306/data/mysql.pid ended

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